目前的核酸检测是通过探针法原理，利用碱基配对的原则，使用荧光探针进行实时跟踪测定。将带有标记的已知DNA或者RNA序列作为核酸探针，与待测样品中互补的序列配对退火形成双链，通过这一核酸杂交的过程，检测核酸样品中特定基因序列。每一种病原体都具有独特的核酸片段或者片段的独特组合，比如新冠病毒的ORF1ab基因、N基因等。
新冠病毒的检测中，使用的就是寡核苷酸引物和探针。目前国家药品监督管理局批准的几十个新冠病毒核酸检测试剂盒中，采用荧光PCR法的占大多数；
荧光PCR法，目前通常为实时荧光定量PCR，这一技术是普通聚合酶链式反应PCR技术的拓展。在原始的PCR反应体系中加入荧光基团，利用荧光信号积累实时监测整个PCR放大扩增特定的DNA片段的进程，最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析。
PCR扩增时加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针，该探针为一寡核苷酸，两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。探针完整时，报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收，无法检测或只有微弱荧光；PCR扩增时，Taq酶的5'－3'外切酶活性将探针酶切降解，使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离，荧光信号大大增强，从而荧光监测系统可接收到信号，每扩增一条DNA链，就有一个荧光分子形成，实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。扩增出来的基因越多，累计的荧光信号就越强，以此来确定样本中是否有病毒核酸，也就是确认受检者是否被感染。
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