琼脂糖的基本结构是由1,3连结的β-D-半乳呋喃糖和1,4连结的3,6-脱水α-L-半乳呋喃糖相间联结而成。
琼脂糖具有亲水性，并几乎完全不存在带电基团，对敏感的生物大分子极少引起变性和吸附，是理想的惰性载体。
琼脂糖在水中一般加热到90℃以上溶解，温度下降到35-40℃液体形成良好的半固体状的凝胶,这是它具有多种用途的主要特征和基础。
琼脂糖是最常用的分离介质，用作电泳和层析载体，分离生物大分子（核酸、蛋白、多糖等）。 实验室主要用作核酸电泳的载体。
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